Искал свои старые заметки про кластер и нашел эту тему. Подумал, что эта тема "в тему", поэтому выкладываю инструкции тут.
Чтобы запустить Блэкбокс на кластере, я использовал следующую систему:
1. В директорию /home/denisov/lib32 я положил необходимые библиотеки от Ubuntu 32-bit. На кластере стоит RedHat, а это тоже Linux, поэтому они оказались вполне совместимы.
2. В директорию /home/denisov/mpich32 я положил необходимые библиотеки для MPI, которые были собраны для 32битной системы.
3. В директории /home/denisov/mpich скомпилированная из исходников mpich-3.1.4 для системы RedHat.
Код:
./configure --prefix=/home/denisov/mpich --disable-fortran
make
make install
make
make install
И потом я запускаю следующим скриптом:
Код:
#!/bin/sh
rn=`readlink -f "${0}"`
pd=`dirname "${rn}"`
sd=`readlink -f .`
PATH=/home/denisov/mpich/bin:$PATH; export PATH
LD_LIBRARY_PATH=/home/denisov/mpich32/lib:/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH; export LD_LIBRARY_PATH
env \
BB_PRIMARY_DIR="${pd}" \
BB_SECONDARY_DIR="${sd}" \
BB_PACKED_NAME="${lib}" \
mpiexec -n 4 /home/denisov/lib32/ld-linux.so.2 --library-path /home/denisov/lib32:$LD_LIBRARY_PATH ./blackbox
rn=`readlink -f "${0}"`
pd=`dirname "${rn}"`
sd=`readlink -f .`
PATH=/home/denisov/mpich/bin:$PATH; export PATH
LD_LIBRARY_PATH=/home/denisov/mpich32/lib:/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH; export LD_LIBRARY_PATH
env \
BB_PRIMARY_DIR="${pd}" \
BB_SECONDARY_DIR="${sd}" \
BB_PACKED_NAME="${lib}" \
mpiexec -n 4 /home/denisov/lib32/ld-linux.so.2 --library-path /home/denisov/lib32:$LD_LIBRARY_PATH ./blackbox
Директории lib32, mpich32 и mpich выложил тут:
http://pub.iadenisov.ru/soft/blackbox/
Вложение:
2018-11-08_08-31-30.png [ 63.14 КБ | Просмотров: 3627 ]